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MPPDYNA 複数マシンでの実行

2018 年 12 月 26 日 by yo yamgatta

自分の周辺には、MPPDYNAを複数台で実行すれば、性能向上しそうなマシンが2台ある。
これ(CentOS7.5)これ(CentOS7.2)
10年近く前なら、2台でサクッと実行できた記憶があるが、今の時代はそうはいかなくなった。
これら2台、導入時期が違うので、設定がバラバラ、、複数台での実行には色々な困難を克服
しなければならないようだ。
何だかんだと試して実行可能となったので、以下にその手順をメモします。

1、ssh を2台のマシンに通す。
  2台の距離は5メートル以上ある。設定変更の度にマシン間の行き来は大変。

2、NFSマウント
  どちらかのHDDをNFSマウントで両マシンから同じに見えるようにする。

3、ユーザID
  両方のマシンに共通のユーザIDを作成する。
  名前だけでなく、ユーザ番号、グループ番号、ホム、パスワード等全て同じ。

4、MPIのバージョンを揃える
  どちらもPlatForm MPIが入っていたが、インストール時期によりバージョンが違っていた。
  同じバージョンに統一。

5.Firewall
  両マシンで止めるのが一番簡単だが、問題ある場合は、IPV4が互いに通るように設定

6、ホスト名記述ファイル
  mpirun -hostfile ファイル の形式で実行するので、
        ホスト名1:CPU数
     ホスト名2:CPU数
  を記述したファイルを準備する。

7、MPPDYNA実行
  mppdyna -hostfile ファイル名 mppdyna i=入力データ memory=………
       で実行できるはずです。

昨日、上記を書く前に WordPressを更新したら、5.0という新しいバージョンになったは
良いが、”ブロックエディタ” という形式に変わり全く書けなくなってしまった。
新しいエディタに慣れるまで、しばしお休み? と思ったが Classic Editor というプラグイン
をダウンロードして有効化してこれまでと同じやり方でできるようになった。
ただし、2021年までのサポートらしいので、それまでにブロックエディタ練習するか! 

 

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